Este conjunto arquitetônico, datado do século XVII, é formado pela Igreja de São Francisco, o convento, ou monastério, a Igreja da Soledade, a Capela do Milagre e a praça. Um dos destaques deste lindo complexo são as catacumbas, que serviram como cemitério durante o período colonial, e a réplica da pintura de Leonardo da Vinci, a Última Ceia.
A pintura peculiar da Última Ceia mostra crianças servindo os alimentos e a imagem de Judas Iscariotes foi trocada pela do conquistador espanhol Francisco Pizarro. O prato principal da mesa é um cuy assado, um porquinho da Índia muito comum no Peru.
Na fachada da igreja, decorada com arcos, está uma imagem da Imaculada Conceição e a área do claustro, decorado com afrescos e azulejos azuis originais de Sevilla e 39 telas que representam as cenas da vida de São Francisco, abriga o Museu de Arte do Vice-reinado. A Biblioteca, do século XVII, é outro atrativo do convento. Possui mais de 25 mil títulos, incluindo de obras raras, em diversas línguas. Nas famosas catacumbas, um cemitério usado no período da colônia, está o ossário, que abriga cerca de 70 mil corpos.